On peut trouver des cyanophytes dans tous les types d'environnement, y compris les habitats marins, d'eau douce et terrestres. Ils peuvent également faire partie des lichens et se trouver dans les mousses ! 

Même si elles peuvent être nuisibles, elles jouent un rôle clé dans les réseaux alimentaires aquatiques en étant broutées par le zooplancton. Les cyanos peuvent être coloniaux ou unicellulaires et font partie du groupe le plus diversifié d'organismes procaryotes, nous leur devons la vie aérobie sur cette planète !